de l'ancien breton killi, ' bocage, pays de haies '.

Vers le Ier siècle, le territoire a connu l'occupation de l'armée romaine et il existe des restes d'un camp romain au village des Châtelets, à la limite communale entre Quily et Lizio. Situé sur la rive droite de l'Oust, comme trois autres communes, paroisses du canton de Josselin ' Cruguel, Guégon et Saint-Servant-sur-Oust ', Quily, appartenant au diocèse de Vannes, est détaché de la paroisse primitive de Sérent au XVe siècle. Il dépend du doyenné de Porhoët vannetais, dont le siège était tout proche, à Saint-Servant-sur-Oust. En 1790, il est érigé en commune du canton de Guégon, rattaché à celui de Josselin en 1801.