de l'ancien breton celli ou kelli, bois.

Le site est occupé dès le Néolithique. Des canalisations de terre cuite du Ier siècle attestent la présence d'une implantation gallo-romaine au hameau de Quenecunan. Un document de 1285, établi par Eudon Gilbert au profit de Josselin de Rohan, au sujet de la vente de privilèges dans les bois du Quillio, situe ceux-ci dans la paroisse de Merléac. Après la Révolution, la municipalité développe l'industrie des toiles. Aux XVIIIe et XIXe siècles, la commune se spécialise dans le blanchissement des toiles et la fabrication de mouchoirs. Des marchands et des négociants de toiles habitent Le Quillio, prospère grâce à cette industrie. Quelques maisons, au lieu-dit Le Penher, sont les seules traces d'un type d'habitat populaire.